5分lncRNA研究典型思路
這里要分享的是一篇非編碼基因在腫瘤中的研究，題為《LINC00184 plays an oncogenic role in non-small cell lung cancer via regulation of the miR-524-5p/HMGB2 axis》，2020年發(fā)表在JOURNAL OF CELLULAR AND MOLECULAR MEDICINE上，IF=5.3。
一、研究概述
首先，作者從TCGA數(shù)據(jù)庫下載非小細胞肺癌（NSCLC）轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，包含348例腫瘤樣本，46例正常樣本，生物信息學分析發(fā)現(xiàn)LINC00184在非小細胞肺癌中顯著高表達，臨床樣本驗證了這一結(jié)果。生存分析顯示LINC00184高表達的患者生存期顯著縮短，預后差。臨床相關(guān)性分析顯示，LINC00184與腫瘤TNM分期顯著正相關(guān)。因此，LINC00184在非小細胞肺癌發(fā)生發(fā)展過程中可能扮演重要角色。
生信分析和數(shù)據(jù)庫再次發(fā)揮重要作用。通過多數(shù)據(jù)庫（PicTar、miRanda、TargetScan ）預測分析，篩選出若干調(diào)控LINC00184的miRNAs，再結(jié)合雙熒光素酶報告實驗（Luciferase assay）、RNA pull down實驗，最終確定LINC00184靶向結(jié)合的是miR- 524- 5p。臨床樣本中miR- 524- 5p的表達量也LINC00184的表達量呈顯著負相關(guān)。這些結(jié)果證明了LINC00184靶向結(jié)合miR- 524- 5p。我們都知道，lncRNA和miRNA都屬于非編碼RNA，不能直接發(fā)揮作用，需要調(diào)控編碼基因才行。因此，再次通過生信分析預測到miR- 524- 5p的靶基因為HMGB2，Luciferase實驗證實了該調(diào)控關(guān)系。初步形成了LINC00184/miR- 524- 5p/HMGB2的調(diào)控軸，再通過一些列實驗，例如相關(guān)性分析、表達量分析、回復實驗等進一步證實LINC00184/miR- 524- 5p/HMGB2調(diào)控軸。
最后，作者研究了LINC00184的體內(nèi)功能實驗，證明LINC00184在體內(nèi)也具有促癌作用，進一步豐富完善了LINC00184的功能研究。但我個人感覺這樣的順序不對勁，體內(nèi)功能實驗一般緊跟在體外實驗之后，而這篇研究卻把體內(nèi)、體外功能研究隔離開了，而且隔的很遠。這中間穿插了LINC00184/miR- 524- 5p/HMGB2調(diào)控軸的機制闡述、臨床樣本的檢測，還有回復實驗。可能體內(nèi)實驗是投稿過程中補充的？也可能就是這么排序的？咱也不清楚，咱也不敢問啊。
1. 典型的5分研究思路
目的基因篩選、臨床相關(guān)性研究、體內(nèi)體外功能研究、分子機制闡述，一整套流程一氣呵成。唯一的缺陷是只做了下調(diào)lncRNA的功能研究，上調(diào)lncRNA的功能研究也應(yīng)該有，這樣才更加嚴謹，更有說服力。
2. 生信分析真的很重要
生信分析在這篇文章中反復提到，lncRNA的篩選用到了生信分析，lncRNA的分子機制研究也用到了生信分析。生信分析可以為我們的研究節(jié)省很多成本，無論是經(jīng)濟成本還是時間成本。文中提到分析了TCGA數(shù)據(jù)庫中348例腫瘤樣本和46例正常樣本的RNA-seq數(shù)據(jù)，如果這么多樣本都需要我們自己搜集、測序，可想而知這需要很大一筆錢，而且需要很長時間去搜集，耗費大量人力物力。而利用生物信息學，結(jié)合公共數(shù)據(jù)庫資源，就可以輕而易舉地獲得想要的結(jié)果，何樂而不為呢？
關(guān)鍵技術(shù)：生信分析、RNA干擾、luciferase、RNA pull down等
參考文獻：Wang W, Li L, Zhao L. LINC00184 plays an oncogenic role in non-small cell lung cancer via regulation of the miR-524-5p/HMGB2 axis. J Cell Mol Med. 2021 Nov;25(21):9927-9938. doi: 10.1111/jcmm.16247. Epub 2021 Oct 15. PMID: 34651416; PMCID: PMC8572802.
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